Byl postaven v románském slohu jako nevelká budova s obdélným kněžištěm a obdélnou lodí, která byla na jižní straně osvětlena dvojicí románský oken, dodnes patrných z vnější strany kostela. Podstatným způsobem se na stavbě projevila i gotika. Kostel byl zaklenut a z vnější strany je opatřen opěrnými pilíři podpírajícími novou klenbu. Gotická jsou i okna a zbytky fresek v kostele. Z jižní strany byla ke kostelu přistavena sakristie, osvětlená pěkným gotickým okénkem. Nad sakristií byla dřevená věž.

Dnešní kostelní věž byla vybudována v roce 1873. Na novou věž byly přemístěny kostelní zvony, které měly pohnutou historii. V průběhu první světové války byly dva ze tří zvonů odebrány pro vojenské účely a na věži byl ponechán jen nejstarší zvon. Po skončení války byly zvony doplněny. Ovšem v průběhu II. světové války byly oba dva zvony odebrány pro potřeby zbrojního průmyslu a na věži zůstal jen zvon nejstarší. V roce 1957 závod Kovolit v České odlil dva scházející zvony a opravil nejstarší zvon. Tak se podařilo uchránit na lelekovickém kostele nejstarší zvon, který nese letopočet 1516. Jeho hlas můžete slyšet pouze třikrát do roka - na velikonoce, na vánoce a na Nový rok.

Při poslední opravě omítky interiéru byly v kostele objeveny tři druhy konsekračních křížů, které souvisejí s opakovaným svěcením kostela. Jedno svěcení bylo provedeno v roce 1510 po přestavbě kostela mistrem Pavlem, jehož huť pracovala i na kostelech v Bořitově a Svaté Kateřině. Jméno tohoto mistra se dochovalo na omítce nad oltářem. Varhany na kůru lelekovického kostela byly vyrobeny a instalovány v roce 1858. Vyrobil je mistr František Svítil z Nového Města na Moravě.

Do vnějšího zdiva lelekovického kostela, v jeho jihovýchodní části, je zabudován ve vodorovné poloze pískovcový kámen o velikosti 118 x 50 centimetru, do kterého je vytesán kříž. Jedná se zřejmě o náhrobek významnější osoby z 13. století, který byl druhotně zazděn při budování sakristie s věží. Dost možná, že se jedná o náhrobek některého z rodičů nebo prarodičů prvně uváděného vladyky z Lelekovic.

Filiální kostel sv. Filipa a Jakuba v Lelekovicích, který tvoří dominantu panoramatu obce, je významným architektonickým objektem zařazeným do seznamu státních nemovitých památek. V poslední době byl kostel citlivě upraven, aby odpovídal církevním požadavkům a vynikly umělecky hodnotné předměty historické ceny (gotické sanktuárium, sochy Vzkříšení, P. Marie, archanděla Michaela a lidová malba na dřevě), doplněné o moderní umění - paličkované obrazy sv. Filipa a Jakuba a křížovou cestu.